比較的シンプルなテーマを2点ほど取り上げて
ざっとHTML5の対応について調べてみました。

• Suffusion
  http://wordpress.org/extend/themes/suffusion
  
• Fiver
  http://wordpress.org/extend/themes/fiver
  

Suffusionの場合、トップページにはsectionタグが見つからなかったのですが、
コンテンツの詳細ページで使われていました。