Thunderbird 3.0.1に更新したあたりから、メッセージフィルタによって
振り分けられるメッセージが二重に保存される症状があります。
メール受信の設定がIMAP接続というのも要因かもしれません。
対処として、重複メッセージを削除するアドオンをインストールしてみました。
https://addons.mozilla.org/ja/thunderbird/addon/4654
インストールして再起動すると、フォルダの右クリックで
「重複メッセージの削除…」
というメニューが選べるようになります。